Футбольный клуб «Рубин» образовался в 1936 году на базе завода имени С. П. Горбунова. Однако официальным годом основания клуба считается 1958, когда команда приняла участие в подразделении «Б» чемпионата СССР. Прежде чем клуб начал называться «Рубином», он сменил несколько названий, такие как «Искра», «Крылья Советов», команда Ленинского района и лишь с 1964 года клуб носит своё современное название.
В 1948 году «Рубин» стал первым клубом республики Татарстан, который принял участие в чемпионате РСФСР.
20 апреля 1958 года Игорь Игнатов забил первый гол «Рубина» в чемпионате СССР.
1959 год стал началом так называемой «эпохи Сентябрёва», в связи с приходом на пост
главного тренера Николая Ивановича Сентябрёва.
В 1960 команда провела свои первые матчи на международной арене с польскими командами «Скра» (1:0), сборной города Тешина (0:0), и с Вислой (8:0).
В 1964 году клуб приобрёл своё нынешнее название, а в 1965 уже завоевал право играть в классе «А». В итоге команда закончила дебютный для себя сезон на 5-м месте.
В 1971 году «Рубин» занял 22-е место и вылетел из первой лиги, а в 1979 клуб занял 19-е место во второй лиге, что стало худшим результатом за всю историю клуба.
С 1981 по 1987 год команду возглавлял Владимир Михайлов, а в 1989 на пост главного тренера пришёл заслуженный тренер России Иван Васильевич Золотухин, а после распада Советского Союза «Рубин» оказался в первой лиге чемпионата России.
Начало девяностых оказалось очень непростым для «Рубина» — в 1992, после смерти
Ивана Золотухина, наставником клуба стал
Александр Владимирович Ивченко, а в 1993 команда выбыла во вторую лигу, в следующем сезоне «Рубин» чуть не вылетел и из неё. В 1994 году прекратилось сотрудничество с КАПО им. Горбунова, а в 1995 было зарегистрировано коммунальное учреждение «Футбольный клуб «Рубин».
С 1996 года гарантом финансовой стабильности клуба стал мэр Казани Камиль Шамильевич Исхаков. У клуба появилась возможность приобретать новых игроков и создать резервную команду. В сезоне 1997 года команда проявила себя с сильной стороны и вышла в первую лигу.
В период с 1998 по 2001 год команда сменила нескольких тренеров, пока на место наставника не пришёл КурбьанБекиевич Бердыев. В 2002 году ему удалось вывести команду в премьер-лигу, где команда сразу показала соперникам свой серьёзный настрой и какое-то время держалась на 2-й строчке турнирной таблицы, однако турнир закончила с бронзовыми медалями, одержав волевую победу над ЦСКА.
Но следующий сезон не был удачным для «Рубина» — команда заняла 10-е место в чемпионате страны и, к тому же, выбыла из розыгрыша
Кубка УЕФА. После этих неудач в команде произошли перемены, многие игроки покинули команду, другие, наоборот, пришли, и в итоге эти перемены пошли на пользу — сезон 2004(5) года команда завершила на 4-й строчке турнирной таблицы.
В 2006 году «Рубин» завершил сезон на 5-м месте, а 2007 команду опять постигли неудачи, и команда опустилась на 10-ю строчку турнирной таблицы. Отчасти это было связано с потерями в составе команды — один из сильнейших игроков команды,
Алехандро Домингес, перешёл в петербургский
«Зенит», а в июне 2007 года в автомобильной катастрофе погиб один из талантливейших футболистов клуба
ЛенарГильмуллин. Так же в сезоне 2007 года команде не удалось добиться успехов и на международной арене.
В преддверии сезона 2008 года в команде вновь произошли перемены. На этот раз клуб приобрёл таких игроков как
Сергей Семак,
Сергей Ребров,
Саво Милошевич и другие. Итогом этих перестроек стал невероятный успех команды на чемпионате России. Стартовав с 7 побед подряд,
«Рубин» впервые стал чемпионом страны.
В 2009 году
«Рубин» повторил свой чемпионский успех предыдущего года, одержав за сезон 10 крупных побед, а игрок команды
Домингес был признан лучшим игроком чемпионата России. В том же году команде удалось выйти в поей-офф Лиги Европы, заняв 3-е место в своей группе.
В 2010 «Рубин» завоевал Суперкубок России, а по итогам группового этапа
Лиги Чемпионов, команда вышла в плей-офф
Лиги Европы.
