Футбольная команда «Томь» образовалась в 1957 под названием «Буревестник». В своём первом сезоне команда заняла 3-е место классе «Б» в чемпионате СССР.
В 1992 году, после образования чемпионата России, команда заняла 7-е место в премьер-лиге, однако уже в следующем сезоне вылетела во Вторую лигу, где в 1994 году заняла второе место под руководством
Владимира Помещикова.
В 1995 году на пост главного тренера пришёл
Владимир Юрин, перед которым стояла задача вывести клуб в первую лигу, однако
«Томь» заняла второе место, уступив
«Иртышу». Но в 1998 году тренеру Владимиру Юрину удалось вывести команду в первый дивизион, а в 2005 «Томь» получила право играть в премьер-лиге, и по окончанию сезона заняла 10-е место в турнирной таблице. На следующий год команда улучшила результаты, завершив сезон на 8-м месте. 2007 год оказался менее удачным – команда завершила чемпионат страны на 11-ой строчке с 35 очками, однако добилась определённый успехов в Кубке России – команда дошла до полуфинала, победив
«Салют-Энергию»,
«Ростов» и
«Зенит».
2008 год стал одним из самых неудачных в истории команды. В чемпионате страны команда заняла 13-е месте, сменив за сезон трёх тренеров –
Валерия Петракова,
Мирослава Ромащенко и
Валерия Непомнящего, которому удалось удержать клуб в премьер-лиге.
В 2009 году команда испытывала серьёзные финансовые проблемы, клуб хотели снять с чемпионата, однако при содействии чиновников и премьер-министра страны, «Томи» удалось выбраться из этого положения. У команды появились семь спонсоров, а чемпионат она завершила на 9-м месте в турнирной таблице.
В 2010 году команда повторила свой лучший результат и заняла 8-е место в чемпионате страны.
Осенью 2011 года наставник команды Валерий Непомнящий подал в отставку после неудачного для «Томи» матча с
«Краснодаром». На его место был назначен
Серей Передня. Клуб опять испытывает сложное финансовое положение, которое может привести к снятию команды с чемпионата России.
